每一个细胞都含有相同的基因，但不同细胞中有的基因是表达的， 而有的基因关闭。只有少量基因在所有的细胞类型中都表达，利用mRNA构建的基因文库，只含有表达的部分基因。例如麸朊（醇溶朊），小麦中的一种营养蛋白，在正发育的种子中，以非常高的水平表达，大约占总mRNA的30%。
探针是由目的基因的已知的信息决定的，有三种可能性：
1） 目的基因在特定细胞中的丰度

2） 基因所编码的蛋白质或者部分序列

3） 基因是一个基因家族中的一个


利用同源探针筛选目的克隆

任意的两条单链核酸分子都有可能通过碱基配对结合，大部分的配对分子是不稳定的，因为只有少量的碱基配对。然而如果两条链是互补的，大部分碱基可以配对形成稳定的分子。不仅DNA间可以配对，DNA 与RNA间也可以进行配对。因此可以使用同源探针筛选目的克隆。

如果克隆的基因所编码的蛋白已知。就可以利用遗传密码子预测相关基因的核苷酸序列，只有蛋氨酸和色氨酸无兼并密码，其他的氨基酸至少有两种密码子。例如丙氨酸有四种密码子，前两位是相同的，GCA,GCT,GCC,GCG，只能正确的预测两位的碱基。

例如细胞色素C，从59号氨基酸的一段序列：Trp-Asp-Glu-Asn-Asn-Met，相应的DNA序列是TGG-GA(T/C)-GA(A/G)-AA(T/C)-AA(T/C)-ATG，在18个碱基中有14个是可以预测的。如果用来杂交的18核苷酸的序列有上千种可能的排列，很显然不适合于合成探针。