在培养的早期，Imachi观察到样品中含有丰富的硫酸盐还原菌。只有当这种菌被抗生素杀死后，古生菌和产甲烷菌才会逐渐富集，并且这两者表现出一种共生关系。Prometheoarchaeum会首先分解食物中的氨基酸，释放出氢气，但氢气的积累可能会导致降低Prometheoarchaeum的生长速度。而共生菌能消耗氢气，促进它的生长和繁殖。这些复杂的协作关系，也正是导致这种古生菌难以在实验室培养的一个原因。
研究人员对所有微生物的DNA进行了测序，证实它确实含有一些看起来像真核生物中发现的基因，就好像Prometheoarchaeum已经准备好成为真核生物一样。
在培养出微生物后，研究人员使用电子显微镜对其进行成像，揭示了多个分支的附属物。研究人员假设，在很久以前，一个古细菌围绕着原始线粒体形成了新的微生物。研究人员提出，随着地球早期氧浓度的增加，像Prometheoarchaeum这样的古细菌吸收了吸氧伴侣，比其他微生物长得更好。
最终，研究人员得出了一些结论，比如Prometheoarchaeum只有在一种或两种微生物存在的情况下才会生长，这两种微生物分别是古甲烷菌和氟脱硫弧菌。当Prometheoarchaeum将氨基酸分解成食物时，它会产生氢，而其他微生物则以氢为食。
