Western Blot：检测自噬相关蛋白的表达水平和修饰状态。
免疫荧光（IF）：观察自噬体和溶酶体的定位和形态。
免疫组化（IHC）：研究自噬相关蛋白在组织中的分布。
保存条件：该抗体通常应在-20°C下保存，以避免降解和失活。避免反复冻融，以确保抗体的稳定性。
稳定性：冻干抗体在室温下至少稳定一个月，并在-20°C下保持一年以上。当在无菌pH7.4 0.01M PBS或抗体稀释剂中重组时，抗体在2-4°C下至少稳定两周。在实验操作中，自噬相关蛋白抗体的应用需要严格遵循标准化流程以确保结果的可靠性。以LC3抗体为例，其在Western Blot检测时需注意样本处理方式——使用含有蛋白酶抑制剂的RIPA裂解液，并在冰上操作以防止蛋白降解。对于免疫荧光实验，建议先用4%多聚甲醛固定细胞15分钟，Triton X-100透化后，采用含5%BSA的封闭液处理1小时，可显著降低非特异性背景。
值得注意的是，不同自噬阶段需要选择特异性标志物：检测自噬体形成建议使用LC3-II/LC3-I比值，而SQSTM1/p62的降解水平则能反映自噬流（autophagic flux）的完整性。近期研究发现，在饥饿诱导的自噬模型中，同时检测ULK1磷酸化状态和ATG5-ATG12复合物形成，可更全面评估自噬启动阶段。
对于组织样本的IHC检测，建议进行抗原修复优化。高压修复法（pH6.0柠檬酸钠缓冲液）较EDTA修复能更好保持ATG7等蛋白的抗原表位。有研究显示，在肝癌组织中采用两步法显色系统（HRP-DAB结合碱性磷酸酶-Red）可同时显示LC3斑点与p62的共定位情况。
为确保实验可重复性，建议每批次实验设立正负对照：雷帕霉素处理的细胞作为自噬诱导对照，而氯喹处理可阻断自噬体降解。*新《自噬研究指南》强调，使用CRISPR敲除细胞系作为阴性对照，能有效排除抗体的非特异性结合。
