细胞核提取过程中常见的问题主要集中在样品质量、操作细节、试剂与设备匹配度等方面，若不加以控制，会显著影响提取效率和后续实验结果的可靠性。
一、样品相关问题
细胞状态差：死细胞或受损细胞比例过高时，会释放大量胞内杂质（如DNA、蛋白酶），干扰细胞核的完整性和纯度。
起始细胞量不足：样本量太少会导致*终核得率极低，难以满足下游实验（如ATAC-seq、ChIP）的需求。
组织处理不当：对于组织样本，若未充分均质化或消化不彻底，细胞核释放效率将大幅下降。
植物样本特殊挑战：植物细胞具有细胞壁，破壁难度大，易导致核提取困难、杂质多。
二、操作过程中的关键问题
裂解不充分或过度：
裂解不充分：细胞膜未完全破裂，细胞核无法释放；
裂解过度：破坏核膜完整性，导致核内容物泄漏或DNA剪切。
离心参数不匹配：
转速或时间不足：细胞核未沉淀，残留在上清中；
转速过高或时间过长：可能导致核膜破裂或非特异性杂质共沉淀。
温度控制不当：未在4℃环境下操作，易激活核酸酶（DNase/RNase），造成DNA/RNA降解。
清洗不彻底或过于剧烈：清洗不足会导致胞浆蛋白残留；动作过猛则可能破坏核结构。
三、试剂与缓冲液问题
成分错误：缓冲液中缺乏必要的蛋白酶抑制剂、磷酸酶抑制剂或RNase抑制剂，会导致目标分子降解。
pH值不准：影响核膜稳定性，可能导致提前破裂或聚集。
反复冻融：破坏缓冲液的离子平衡和试剂活性，影响提取效果。
四、设备与耗材因素
离心机校准偏差：实际转速与设定不符，影响分离效果。
转子或离心管不匹配：使用不能承受高转速的耗材，存在破裂风险。
设备未预冷：离心腔或转子未提前冷却至4℃，造成温度波动，影响核稳定性。
五、其他常见干扰因素
样品粘稠度高：未进行DNase处理或稀释不足，导致沉淀不均一，影响离心分离。
交叉污染：移液枪头、离心管重复使用或未更换，造成样品间污染。
缺乏预实验优化：未针对特定细胞类型（如贴壁细胞、悬浮细胞、植物细胞）优化裂解时间和离心条件。
分离不彻底：细胞核与细胞质蛋白残留混杂，影响后续核蛋白分析。
提取效率与纯度保障建议
设置阳性对照：使用已知提取效果良好的细胞系作为对照，便于问题排查。
每步取样镜检：通过显微镜观察核形态和完整性，及时发现问题。
单变量优化：调整裂解时间、离心力、缓冲液配方时，每次只改变一个参数。
采用柱式法提纯：可有效去除基因组DNA残留，获得更纯净的核蛋白提取物。
