传统酶解法作为一种温和、高效的生物催化技术，广泛应用于食品、医药、保健品及生物材料提取等领域 。相比酸解或碱解等化学方法，酶解法反应条件更温和、专一性更强 。然而，在实际应用中，传统酶解工艺仍面临一系列技术和操作层面的挑战。

游离酶在反应过程中容易受到温度、pH值、离子强度等因素影响，导致活性下降甚至失活，限制了其重复利用性和工业化连续生产效率 。例如，在磷脂酰丝氨酸合成中，传统游离酶存在“稳定性差、易失活”的瓶颈 。

大多数传统酶为一次性使用，无法有效回收，造成生产成本居高不下。尤其是一些高活性、高特异性的酶制剂价格昂贵，进一步压缩了利润空间 。

食品或动植物原料中的脂肪、蛋白质、多糖等复杂成分可能包裹目标物质，阻碍酶与底物接触，降低水解效率。例如，酵母β-葡聚糖检测前需先去除蛋白质和脂肪以减少干扰 。

 需严格控制温度、pH值、酶浓度等参数，操作不当易导致产物不纯或反应失败。例如，胶原蛋白提取中，若酶解时间过长，可能破坏胶原蛋白结构。

酶活性高度依赖于温度、pH、酶浓度、作用时间等参数，微小波动可能导致水解不完全或过度降解，影响产物质量和一致性 。这增加了工艺优化难度和对操作人员经验的依赖。

单一酶解法提取率较低，常需结合化学方法（如高压、超声）以提高效率。例如，羊皮胶原蛋白提取中，单一酶解法提取率低，需与高压-超声法结合。

酶通常只催化一步反应，产物与底物结构类似，变化小，限制了其在某些合成反应中的应用。

‌实际案例‌：在羊皮胶原蛋白提取中，传统酶解法虽能保持胶原蛋白结构完整性，但存在提取率低、

若酶制剂纯度不高或反应控制不当，可能引入杂质或产生不良风味。如部分蛋白酶水解动物内脏时，若未精准控制，可能生成苦味肽，影响*终产品的适口性 。