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大肠杆菌E.coli 残留 DNA 检测试剂盒实验操作过程

点击次数:2次     发布时间:2025/5/22 11:39:51

E.coli DNA 定量参考品的稀释及标准曲线的制备
用试剂盒中提供的 DNA dilution buffer 将 E.coli Control DNA 进行梯度稀释,稀释浓度依 次为 300pg/μl 、30pg/μl 、3pg/μl 、300fg/μl 、30fg/μl。具体操作如下:
1.将试剂盒中的 E.coli Control DNA 和 DNA dilution buffer 置于冰上融化,待完全融化后, 轻微振荡混匀,简短快速离心。
2.取 5 支干净的 1.5ml 离心管,分别标记为 SD1 ,SD2 ,SD3 ,SD4 ,SD5。
3,SD1 管中加入 198μl DNA dilution buffer,其余管中分别加入 180μl DNA dilution buffer。
4,取 2μl  E.coli control  DNA 加入 SD1 管中, 然后涡旋振荡混匀 5-10s 后短时快速离心 5s,涡旋振荡和快速离心各重复 3 次。
5,按表 2 依次进行 5 次梯度稀释操作,稀释操作同步骤 4。

根据待测样本的残留量设置 ERC 中 E.coli Control DNA 的加样浓度 (以制备加 45pg  E.coli Control DNA 的样本 ERC 为例),操作如下:
1 ,取待测样本 100μl,加至 1.5ml 干净的离心管中;
2 ,加入 1.5μl SD2,混匀,标记为样本 ERC。
注:样本 ERC 和同批待测样本需一起进行样本前处理。
根据实验设置阴性质控,操作如下:
1 ,取 100μl 样本基质溶液(或洗脱液)加至 1.5ml 干净的离心管中标记为阴性质控 NEG。
注:阴性质控 NEG 样本和同批待测样本需一起进行样本前处理。
1 ,根据所要检测的标准曲线及待测样本数量,计算所需反应孔数,一般做 3 个重复孔/样。 反应孔数=(5 个浓度梯度+1个无模板对照 NTC+1 个阴性质控 NEG+待测样本×2)×3
注:待测样本×2 是为了让每个待测样本检测时都同时做样本 ERC。
2 ,根据反应孔数计算本次实验所需的各组分的所需总量以制备 pre-mix:
2×Taqman master mix=  (反应孔数+2) ×15μl (含有 2 孔的损失量) 10×E.coliqPCR mix=(反应孔数+2) ×3μl
RNase-free H2O=(反应孔数+2)×2μl
3 ,各试剂置于冰上融化,振荡混匀,按表 3 所示进行加样:

4. 将 96 孔板用光学膜封闭,轻微振荡混匀,短时间快速离心后放入 qPCR 仪中。
 qPCR 程序参数设置(以 ABI 7500 为例):
 1.创建空白新程序,选择绝对定量检测模块。
2.创建新检测探针,命名为 E.coli-DNA,选择报告荧光基团为 FAM,淬灭基团为 none,检测 参比荧光为 ROX。
3.设置两步法反应程序:50oC 2min, 95oC 预变性 10min;95oC 10 sec,58oC 1min,40 个循环; 反应体积为 30μl。

1.在 Results 的 Amplification  plot 面板中,将 Threshold 设置为 0.05 ,点击 Analyze,此时 可初步查看扩增曲线的形态是否正常。
2.在 Results 的 Plate 面板中,将标准曲线孔的 Task 一栏设置为 Standard,并且在 Quantity 一栏分别赋值为 3000 、300 、30 、3 、0.3(含义为每孔的 DNA 量,单位为 pg),并且在相 应的 Sample Name 一栏命名为 SD1 、SD2 、SD3 、SD4 、SD5。
3.在 Results 的 Plate 面板中,将无模板对照 NTC 孔的 Task 一栏设置为 NTC,将阴性质控 NEG 孔、待测样本孔、样本 ERC 孔的 Task 一栏设置为 Unknown,并且在相应的 Sample Name 一栏中命名为 NTC 、NEG 、S 、ERC ,之后点击开始键。
4.在 Results 的 Standard Curve  面板中,可读取标准曲线的斜率(Slope)、截距(Intercept)、 R2。
5.在 Results 的 Report 面板中,Mean Quantity 一栏可读取无模版对照 NTC、阴性质控 NEG、 待测样本、样本 ERC 的检测值。后续可在检测报告中将单位换算为 pg/ml  样本。
 
注:根据待测样本和样本 ERC 的检测结果计算加样回收率,加样回收率要求在 50%-150%之 间。
 
 

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