优化ELISA的重点之一在于洗涤。洗涤步骤可降低未结合抗体所引起的背景信号，从而增加分析的信噪比。每一步之间的洗涤确保只有特异的结合事件被保留，在最后一步产生信号。而不充分的洗涤会导致差异和高背景，从而带来不理想的结果。
在做ELISA实验时，洗板有两种方法：手工法洗板 和 洗板机洗板。二者没有本质的差别，只要操作合乎要求，均能得到正确、可靠的结果。然而，在实际操作中，选择何种洗涤方式往往还需考虑实验的具体需求和操作者的经验。手工法洗板虽然灵活性高，允许操作者根据实验情况调整洗涤力度和时间，但对于大量样本的处理来说，无疑是一项耗时且劳动强度大的任务。此外，手工洗涤过程中的人为误差，如洗涤不均匀或遗漏某些孔，也可能对实验结果造成影响。
相比之下，洗板机则以其高效、标准化的洗涤流程受到广泛青睐。它能够确保每一块板、每一个孔都接受到相同且充分的洗涤，从而大大降低了实验间的变异性和人为误差。尤其对于需要处理大量样本的研究或临床检测，洗板机无疑是提高效率和准确性的最佳选择。
手工洗板
手工洗板人为因素比较大，实验人员必须经验丰富，洗涤次数要足够，冲击力又不要太大，加入的洗液量以说明书为准，防止孔口内有游离酶未能洗净，同时防止孔与孔之间液体交叉。洗涤结束后扣干亦非常重要，否则易造成假阳性。每次洗完板后，在吸水纸上轻轻拍干，拍板时要垂直，避免交叉感染。用力不能过猛，防止抗原抗体复合物脱离;吸水纸要一次性使用，应使用不易脱落碎屑的吸水纸为宜。酶结合物不耐干燥，特别在较高的温度下更易失活，所以拍干的反应板应尽量缩短在空气中暴露的时间，时间越长，吸光度值越低。
浸泡式
1. 吸干或甩干孔内反应液；
2. 用洗涤液过洗一遍（将洗涤液注满板孔后，即甩去）；3. 浸泡，即将洗涤液注满板孔，放置1～2分钟，间歇摇动，浸泡时间不可随意缩短；
4. 吸干孔内液体。吸干应彻底，可用水泵或真空泵抽吸，也可甩去液体后在清洁毛巾或吸水纸上拍干；
5. 重复操作步骤3和4，洗涤3～4次（或按说明规定）。在间接法中如本底较高，可增加洗涤次数或延长浸泡时间。
微量滴定板多采用浸泡式洗涤法。洗涤液多为含非离子型洗涤剂的中性缓冲液。聚苯乙烯载体与蛋白质的结合是疏水性的，非离子型洗涤剂既含疏水基团，也含亲水基团，其疏水基团与蛋白质的疏水基团借疏水键结合，从而削弱蛋白质与固相载体的结合，并借助于亲水基团和水分子的结合作用，使蛋白质回复到水溶液状态，从而脱离固相载体。
洗涤液中的非离子型洗涤剂一般是吐温20，其浓度可在0.05%～0.2%之间，高于0.2%时，可使包被在固相上的抗原或抗体解吸附而减低试验的灵敏度。
流水冲洗法最初用于小珠载体的洗涤，洗涤液仅为蒸馏水甚至可用自来水。洗涤时附接一特殊装置，使小珠在流水冲击下不断地滚动淋洗，持续冲洗2分钟后，吸干液体，再用蒸馏水浸泡2分钟，吸干即可。浸泡式犹如盆浴，流水冲洗式则好比淋浴，其洗涤效果更为彻底，且也简便、快速。
已有实验表明，流水冲洗式同样也适用于微量滴定板的洗涤。洗涤时设法加大水流量或加大水压，让水流冲击板孔表面，洗涤效果更佳。
