建议把GST或His等标签设计在融合蛋白的N端，并在GST或His等标签与目的蛋白之间设计加入TEV Protease专一性识别与酶切的上述七肽序列。这样在GST或His标签被酶切后，在目的蛋白的N端仅有一个额外的Gly/Ser氨基酸残基，从而大限度地减少了对目的蛋白结构和功能的影响。构建含有TEV Protease专一性识别位点的目的蛋白表达质粒，可以考虑选购的质粒pET-N-His-TEV(YT976)。

TEV Protease的佳酶切温度是30℃，在29～34℃范围内均具有较高的酶活性，但当温度达到或高于高37℃时，其酶活性会急剧下降。在实际操作过程中，为尽量保留目的蛋白的结构和生物活性，建议在4℃用TEV Protease酶切过夜。TEV Protease在pH6.0～9.0范围内具有活性，而当pH小于或等于5时，会失去酶活性。

TEV Protease还有一个突出的优点是在400mM咪唑中仍有较高活力，因此对于很多用鎳柱纯化的His标签目的蛋白，可直接将TEV Protease加入含高浓度咪唑的刚刚纯化的目的蛋白溶液中，在4℃边透析去除咪唑边进行酶切。当然也可以在透析后再用TEV Protease进行酶切以去除His标签。经过酶切的目的蛋白，溶液中带有His标签的本TEV Protease以及切除下来的His标签，都可以通过与镍柱结合而去除。His标签蛋白的纯化可以考虑选购我司的His标签蛋白纯化树脂或His标签蛋白纯化试剂盒，以及His标签纯化树脂(变性剂耐受型，货号：YTB4204)或His标签蛋白纯化试剂盒(变性剂耐受型，货号：YTB046)。
TEV Protease的酶活性不会被常见的丝蛋白酶抑制剂(serine protease inhibitor)如PMSF、AEBSF、bestatin、pepstatin、E-64、TLCK和EDTA所抑制。但靶向半胱(Cysteine)残基的蛋白酶抑制剂如NEM或IAA等，可以显著抑制TEV Protease的酶活力，因为天然的TEV Protease含有其维持酶活力所必需的Cys151。