CMFDA是二乙酸荧光素（Fluorescein diacetate，FDA）的氯甲基衍生物，具细胞膜渗透性，无色，不具有荧光发光性。当通过被动运输穿透细胞膜进入活细胞后，CMFDA中的亲脂性基团可被胞浆内非特异性酯酶水解，生成5-氯甲基荧光素（5-chloromethylfluorescein）；5-氯甲基荧光素可发出绿色荧光，因带电荷而不能自由穿透细胞膜，并利用自身氯甲基与细胞内蛋白和多肽中的在巯基转移酶作用下生成加合物，能完好的保留在胞内。经CMFDA标记的细胞，荧光非常稳定，稳定标记的时间可达数天（至少3天），因此非常适用于细胞分化和形态发生等研究。与常用的钙黄绿素和FDA相比，具有较长时间的细胞内信号保留特点。

在细胞分裂增殖过程中，CMFDA标记荧光可分配至两个子代细胞中，且具有不会使邻近细胞染色的功能（有极少情况下通过细胞间缝隙连接发生染色）。同时，CMFDA标记荧光还主要用于分析细胞间融合、细胞粘附及多药耐药转运蛋白的研究。此外，CMFDA还可用于与其他细胞示踪染料联合选择性标记感染细胞内的病原菌；与膜不通透性核荧光探针共同使用，可用于细胞活性研究。
本品具有细胞示踪试剂理想的特性：稳定、无毒（工作浓度范围内）、细胞内荧光保留性好、荧光（生理pH范围内）。CMFDA标记细胞呈绿色荧光，Ex=492nm，Em=517nm，可与其他颜色荧光染料，如红色荧光蛋白(red fluorescent protein，RFP）等共染。本品以粉末形式提供，需用DMSO制备储存液后再使用。