荧光染料Hoechst33342 能少许进入正常细胞膜，使其染上低蓝色，而凋亡细胞的膜通透性增强，因此进入凋亡细胞中的Hoechst33342 比正常细胞的多，荧光强度要比正常细胞中要高，此外，凋亡细胞的染色体DNA 的结构发生了改变从而使该染料能更有效地与DNA 结合，并且凋亡细胞膜上的p-糖蛋白泵功能受到损伤不能有效地将Hoechst33342 排出到细胞外使之在细胞内积累增加等都使凋亡细胞的蓝色荧光增强。而PI 染料是不能进入细胞膜完整的正常细胞和凋亡细胞中，即活细胞对PI 染料拒染，而坏死细胞由于膜完整性在早期即已破损，可被PI 染料染色。
用Hoechst33342 结合PI 染料对凋亡细胞进行双染色，就可在流式细胞仪上将正常细胞、凋亡细胞和坏死细胞区别开来。在双变量流式细胞仪的散点图上，这三群细胞表现分别为：正常细胞为低蓝色/低红色（Hoechst33342+/PI+），凋亡细胞为高蓝色/低红色（Hoechst33342++/PI+），坏死细胞为低蓝色/高红色（Hoechst33342+/PI++）
注意事项
1. 在红色荧光对兰色荧光散点图上，还可见到细胞凋亡区向细胞坏死区迁移的轨迹，可能是凋亡细胞的DNA 进一步降解的缘故。
2. 用Hoechst33342 染料与细胞孵育的时间不宜过长，一般控制在20min 之内为宜。如果太长可引起Hoechst33342 的发射光谱由蓝光向红光的迁移，导致红色荧光与兰色荧光的比例改变，从而影响结果的判断。
3. Propidium Iodide（PI）有毒，操作时要戴手套。
储存：2-8℃，避光，有效期一年。
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